2避免靶向5’和3’ UTRs区3有些基因特异性的模式，如空间位阻等也会降低基因编辑效率特异性 截短gRNAs trugRNAscrRNA序列小于20个核苷酸，可以减少脱靶位点突变多达5000倍或更多，而不牺牲靶基因组编辑效率具有17或18个核苷酸的截短gRNA称为“trugRNA”17个核苷酸是实现有效基因编辑的。

找到成环元件后，在两端设计gRNA进行敲除，既不破坏编码基因的外显子，又可以实现circRNA的敲除图4 应用案例 circHIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA，它可以与多种miRNA结合，作为细胞生长的调节剂，影响肿瘤的形成为了验证circHIPK3成环的机制，需要找到侧翼内含子中的成环元件，对上下游预测的两个成。

CRISPRCas9系统作为编辑HIV1病毒基因组获取了一种全新的有潜力的工具近日源自日本神户大学医学院传染疾病中心以及保健科学研究生院国际卫生系的研究人员设计师了一种RNA引领的CRISPRCas9以此靶向HIV1调节基因tat与rev，其中的引导RNAsgRNA均根据CRISPR的特异性设计，其靶向的序列于6种主要的HIV1。